Durch die lange Ablieferungszeit der Lokomotiven, versteht es sich von selber, dass nicht alle Lokomotiven die gleichen Veränderungen über sich ergehen lassen mussten. Die bei den älteren Maschinen durchgeführten Änderungen flossen natürlich gleich in die nachfolgenden Modelle mit ein. Daher drängt sich eine chronologische Reihung für alle Lokomotiven auf.

Sehr bald nach der Inbetriebsetzung wurde das Übergangsblech der Prototypen entfernt. Diese wurden nicht benötigt und die Öffnung war eher eine Gefahr für das sich auf den Plattformen aufhaltende Personal. Das Personal auf der Plattform wurde daher mit einem durchgehenden Blech besser geschützt. Das Gesicht der Lokomotive änderte sich daher markant. Die restlichen Lokomotiven hatten diese Bleche dann bereits bei der Ablieferung erhalten.

Um dem Lokomotivpersonal die Arbeit im Führerstand ein wenig zu erleichtern, wurden die Lokomotiven mit einer Sitzgelegenheit nachgerüstet. Diese diente viel mehr dem Personal bei längeren Pausen, als dass es sich bei der Fahrt darauf setzte. In sitzender Position war die Lok zu unübersichtlich, so dass sich das Lokpersonal meist nur an den Stuhl anlehnte und den Fahrweg durch das Fenster beobachtete.

Als die ersten Ee 3/3 abgelieferten wurden, waren diese im Gegensatz zu den Prototypen grün gestrichen worden. Daher erstaunt es eigentlich nicht, dass die beiden Prototypen ein neues Farbkleid mit den grünen Farben der ersten Serien erhielten. So hatten alle Rangierlokomotiven die gleiche Farbe erhalten. Es sollte eine einmalige Aktion bleiben, die nur bei den Prototypen durchgeführt wurde.

Der neuerliche Farbwechsel der Lokomotiven, der ab 1953 erfolgte, wurde dann nicht mehr so schlagartig auf bestehenden Maschinen umgesetzt. Die grünen Ee 3/3 blieben somit in dieser Farbe im Einsatz und wurden erst bei einer Revision mit Neuanstrich angepasst. Daher bekamen die Prototypen das dritte und letzte Farbkleid verpasst.

Die anfänglich bei den Prototypen eingebaute Rutschkupplung wurde 1959 wieder entfernt. Diese Einrichtung erwies sich sehr schnell als nutzlos. Daher kam sie bei den Lokomotiven der Serie schon gar nicht mehr zum Einbau. Die im Rangierdienst auftretenden Stösse rechtfertigten den Unterhalt dieser Schutzeinrichtung nicht. Daher überrascht es eher, dass so lange gewartet wurde, bis sie entfernt wurde.

Der Stufenschalter der Prototypen und der ersten Serie wurde in den frühen Sechzigerjahren mit einem neuen Antrieb versehen. An die Stelle des Steuerkontrollers mit dem Handrad trat ein Fahrschalter mit Zuschaltrelais. Diese Schaltung entlastete den Lokführer beim Aufschalten vom Beobachten der Fahrmotorströme.

Der Fahrschalter hatte sechs Stellungen. 3 unterschiedliche Aufschaltstellungen erlaubten die Festlegung der Stromwerte auf 900 Ampère, 1’150 Ampère und 1’400 Ampère. Die Neutralstellung N fixierte die eingestellte Stufe. Mit zwei Abschaltstellungen konnte der Stufenschalter normal abgelaufen lassen werden, oder aber mit der Schnellabschaltung sofort abgeschaltet werden. Dafür wurde bei den Prototypen ein zusätzlicher Trennhüpfer eingebaut.

Diese Steuerung erleichterte die Bedienung der Lokomotive wesentlich. Mit ihr ging aber die spontane freie Wahl in der Benützung des linken oder rechten Führertisches bei den Prototypen verloren. Der Grund lag bei der hier eingebauten Schlüsselverriegelung. Auf diese verzichtete man bei den Lokomotiven der Reihe 16'311 - 326, so dass dort die freie Wahl immer noch, dank eines Seilzuges, möglich war.

Die ölgeschmierten Stangenlager mit Weissmetallausguss wurden durch Lager aus Tokatbronze mit Fettschmierung ersetzt. Der tägliche Unterhalt mit Schmierung und Kontrolle konnte so entfallen, was die Arbeit wesentlich vereinfachte. Dieser Umbau betraf sämtliche Lokomotiven, die über eine Ölschmierung verfügten. Daher waren am Schluss sämtliche Lokomotiven mit durch Fett geschmierten Stangenlagern ausgerüstet worden.

Ein grosses Problem der Rangierlokomotiven waren die Bremsklötze. Diese verursachten einen grossen Lärm, der die Arbeit immer wieder behinderte. Daher begann man damit, die Lokomotiven mit neuartigen Bremssohlen auszurüsten, die in separaten Sohlenhalter montiert wurden. Dadurch konnte der Lärm reduziert werden. Nur, die Probleme mit den Druckluftbremsen waren noch lange nicht gelöst, denn das war nur einer der vielen Punkte, die behoben werden mussten.

Da die Bremsklötze aus Grauguss mit ihrem Abrieb die Lokomotiven zu einem Rosthaufen umwandelten, kam der Gedanke auf, die Lokomotiven mit neuartigen Bremssohlen aus Kunststoff auszurüsten. Die glühenden Metallteile, die für das Personal zudem gefährlich waren, verschwanden so auch. Ein weiterer Nebeneffekt war, dass die Lokomotiven noch ruhiger verkehrten. Einzig der maximale Druck im Bremszylinder musste reduziert werden.

Diese Umrüstung der Bremsen mit Bremssohlen aus Kunststoff fand nicht auf allen Lokomotiven statt. Die thermische Belastung dieser Bremssohlen war nicht so gut, wie die von herkömmlichen Bremsklötze. Daher galt für solche Bremssohlen auf gewissen Anlagen ein Verbot. Das galt natürlich dann auch für die dort eingesetzten Rangierlokomotiven. Daher wurden die Lokomotiven im Führerstand entsprechend angeschrieben.

In den siebziger Jahren wurden die Rangierlokomotiven mit einem Rangierfunk ausgerüstet. An den Lokomotiven mussten dafür am Dach zusätzliche Halterungen für die Antennen angebracht werden. Diese Halterungen verunstalteten aber das Aussehen der Lokomotiven. Besonders aufwendig waren hier die Lokomotiven 16'311 - 326, denn dort führte dieses zusätzliche Vordach zum Übernamen "Glätteisen".

Damit hatte es sich mit den Änderungen bei den SBB. Grundlegend umgebaut wurden die Lokomotiven der SBB jedoch nie. Selbst modernisierte Maschinen, die so ausgeliefert wurden, konnten nicht dafür sorgen, dass die Serie vereinheitlicht wurde. Die Führerstände der Ee 3/3 unterschieden sich, wie die Technik daher während der ganzen Einsatzdauer. Was kein Problem für das Personal war, denn die Ee 3/3 waren ihrem Standort treu.

Anders sah die Sache bei der Lokomotive der BLS aus, die im Jahre 1982 grundlegend umgebaut wurde. Bis es aber so weit war, wechselte auch diese Lokomotive das Farbkleid und wurde, wie die anderen Lokomotiven der BLS braun gestrichen. Auch der Stromabnehmer wurde vorerst durch ein modernes Exemplar ersetzt. Es blieb jedoch zuerst noch beim Scherenstromabnehmer. Ein zweiter Wechsel sorgte dann dafür, dass die Lokomotive einen Einholmstromabnehmer erhielt.

Die BLS erneuerte 1982 auf der Lokomotive die komplette elektrische Ausrüstung. Dabei kam neu an Stelle der veralteten Hüpferbatterie ein Thyristorstromrichter mit Glättungsdrosselspule zum Einbau. Eine neue Ölpumpe verbesserte die Kühlung des Stromrichters und des Transformators. Der bereits 1972 montierte Einholmstromabnehmer blieb jedoch diesmal auf der Lokomotive erhalten.

Durch diese Veränderung mussten auch einige Lufteinlässe an den Vorbauten verändert werden. Diese Veränderung verringerte auch die vom Lokomotivpersonal bemängelten Zuglufterscheinungen im Führerstand, da die neuen Ölkühler im hintern Vorbau mit den Lüftungsöffnungen untergebracht werden konnte. Der Umbau erfolgte im Rahmen der anstehenden Revision R3.

Neben diesen technischen Veränderungen war die Lokomotive immer wieder farblichen Veränderungen unterworfen. Nach dem Umbau erhielt die Lokomotive daher das dritte Farbkleid. Die Vorbauten wurden nun wie der Führerstand rot gestrichen. Die restlichen Farben, die teilweise zur Technik passen blieben erhalten. Dabei blieb es dann auch bei dieser Lokomotive.

Bei den SBB setzte sich schliesslich der rotbraune Anstrich bei allen Maschinen durch. Dieser sollte die Lokomotive besser vor Verschmutzungen schützen. Letztlich kam es noch dazu, dass die Lokomotiven nach den mittlerweile eingeführten Farbkleid in rot gestrichen wurden und nun wieder schmutzig wirkten. Erstmals erfolgte nun eine Anschrift des Bahnnamens, der bei der BLS immer angebracht war.