Zur Steuerung der Lokomotive stand ein mit 36 Volt betriebenes Bordnetz zur Verfügung. Gespeist wurde es bei eingeschalteter Lokomotive direkt ab der Umformergruppe oder bei den Lokomotiven ab der Nummer 16'441 ab dem Batterieladegerät. Damit die Steuerung aber auch funktionierte, wenn die Lokomotive ausgeschaltet wurde, waren Batterien vorhanden, die in diesem Fall die Versorgung der Steuerung übernahmen. Auch hier waren also keine grossen Überraschungen vorhanden.

Der für stehende Bedienung eingerichtete Führerstand war nicht bei allen Lokomotiven gleich angeordnet worden. Daher muss hier etwas allgemeiner gesagt werden, dass die Bedienelemente mit Ausnahme der Prototypen immer auf der gleichen Seite angeordnet wurden. So entstand als hier ein durchgehendes Führerpult, das alle notwendigen Bedienelemente enthielt. Dem gegenüber hatten die Prototypen zwei Führerpulte, die jeweils rechts angeordnet waren.

Die wichtigsten Bedienelemente, wie Steuerkontroller, Wendeschaltergriff oder Rangierbremse waren als doppelte und zum Teil mechanisch gekoppelte Elemente ausgeführt worden. Die Lokomotive war daher sehr gut geeignet um bei den Anwärtern erste Fahrversuche unter ständiger Kontrolle zu ermöglichen. Der Lokführer konnte jederzeit eingreifen. Das erleichterte auch die Arbeit bei einem Wechsel der Bedienseite, da dort automatisch die vorgegebene Stufe bereits eingestellt war.

War bei den Prototypen auch noch der Steuerschalter zum Stromabnehmer gekoppelt worden, verzichtete man bei den restlichen Lokomotiven darauf. Hier waren die Bedienelemente zur direkten Steuerung der Lokomotive, nur beim rechten Arbeitsplatz vorhanden. Als rechts wurde hier die Vorwärtsrichtung der Lokomotive angenommen. Dabei hatte der Lokführer die Bedienelemente vor sich, wenn er in Fahrrichtung blickte. Daher galt auch die Ee 3/3 als rechts gesteuerte Lokomotive.

Da befürchtet wurde, dass die Ventilatoren, die damals noch ausschliesslich mit Handzeichen und Zurufen erteilten Befehle stören konnten, wurde die Lokomotive mit einer manuellen Steuerung der Ventilation ausgerüstet. Die Ventilatoren konnten so bei Betriebspausen laufen und den Transformator kühlen. Durch Klappen wurde bei ausgeschaltetem Ventilator eine natürliche Luftströmung ermöglicht, so dass auch dann eine geringe Kühlung möglich war.

Unterschiedlich geregelt wurde somit auch die Ansteuerung der Ventilation. Während man bei den Prototypen und den ersten Abgelieferten Maschinen noch die manuelle Regelung vorsah, baute man bei den letzten Serien eine Zwangsventilation ein. Wir betrachten daher zuerst die manuelle Steuerung der Ventilation und kommen anschliessend zur automatischen Steuerung.

Der Lokführer konnte so bei Bedarf die Ventilation auf stark stellen und so die Lokomotiven auf der Fahrt über längere Abschnitte abkühlen. Es war aber auch möglich, die Lokomotive mit ausgeschalteter Ventilation zu betreiben. Damit der Lokführer die Wärme im Transformator regeln konnte, besassen die Lokomotiven ein entsprechendes Thermometer. Der Lokführer hatte also immer wieder zu kontrollieren, wie warn die Lokomotive war. Erfahrenes Lokomotivpersonal ventilierten meisten bei langen Fahrten durch den Bahnhof, oder wenn grosse Lasten bewegt werden mussten.

Ab der Lokomotive mit der Nummer 16'381 wurde eine Zwangsventilation eingeführt. Diese konnte nur noch im Stillstand der Lokomotive ausgeschaltet werden. Dazu war auf dem Führertisch ein Druckknopf vorhanden. Wurde der Wendeschaltergriff in eine Fahrrichtung verlegt, lief die Ventilation automatisch wieder in der Schaltung schwach an. Der Lokführer konnte somit immer noch manuell auf stark umschalten, denn die Automatik arbeitete nur in der Stellung schwach und schaltete nicht geschwindigkeitsabhängig auf stark.

Zentrales Bedienelement im Führerstand war der Steuerkontroller, der jenem der Be 4/6 entsprach. Dieser hatte die vorhandenen Stufen, die mit Hilfe einer Rastrierung geschaltet werden konnten. Die mit Flachbahnstufenschalter ausgerüsteten Lokomotiven konnten nur die Stufe vorwählen, der Stufenschalter folgte dann in der ihm vorgegebenen Geschwindigkeit bis zur eingestellten Stufe.

Gerade die ersten Lokomotiven, die noch über Stufenschalter verfügten unterschieden sich deutlich. War bei den Prototypen noch die normale Abschaltung ähnlich der Streckenlokomotiven vorgesehen, baute man bei den Lokomotiven 16'311 - 326 die Stellung "00" ein. In dieser Position wurde der nun vorhandene Trennhüpfer zum Fahrmotor geöffnet und die Zugkraft fiel schlagartig weg. Der Stufenschalter konnte nun stromlos abschalten.

Am Aussehen des Steuerkontrollers änderte sich bei den Lokomotiven mit Hüpfersteuerung wenig. Die Bedienung war jedoch gänzlich anders, denn das Lokomotivpersonal konnte nun jede Stufe direkt schalten. Wählte er zum Beispiel die Stufe vier, wurde diese sofort ohne lange Schaltfolgen geschaltet. Die Steuerung arbeitete so sehr schnell, was im Rangierdienst durch das Personal geschätzt wurde.

Bei den Maschinen ab der Nummer 16'431 verzichtete man auf die gewohnte direkte Hüpfersteuerung mit Anzeige der eingestellten Fahrstufe. Hier kam eine automatisierte Hüpfersteuerung mit einer vom Fahrmotorstrom gesteuerten Befehlsgebersteuerung zum Einbau. Diese erlaube eine einhändige Bedienung der Lokomotive, da auch die Rangierbremse in den Fahrschalter integriert wurde.

Der Fahrschalter besass hier die Stellungen 1 bis 3 und konnte so die vorgegebenen Fahrmotorströme von 900 Ampère, 1’150 Ampère und 1’400 Ampère. Einschalten. Die Steuerung übernahm dann die Zuschaltung der Fahrstufen automatisch und ohne dass der Lokführer hätte eingreifen müssen. Abgeschaltet wurde mit zwei vorgegebenen Geschwindigkeiten.

Die Lokomotiven waren so mit einer zum Rangierdienst passenden schnellen Steuerung ausgerüstet worden. Der Wendeschalter konnte bei den Prototypen erst umgelegt werden, wenn der Stufenschalter abgelaufen war. Das war bei den anderen Lokomotiven jedoch nicht mehr der Fall. So wurde in den Vorschriften vorgeschrieben, dass die Wendeschalter erst beim Stillstand der Lokomotive umgelegt werden dürfen. Wenn es eilte, hielten sich wohl nicht alle Lokführer daran und der Griff zum Wendeschalter erfolgte schon kurz vor dem Halt.

Das eingebaute Führerbremsventil befand sich bei den Prototypen beim Führertisch 1. Bei den restlichen Lokomotiven beim Bedienstand rechts. Somit konnte die automatische Bremse nur von einem Arbeitsplatz aus bedient werden. Es musste also immer zu diesem Bedienstand zurückgekehrt werden, wenn man die automatische Bremse bedienen wollte. Einschränkungen in der Bedienung gab es aber nur im Streckendienst, wo der Bedienstand beim Bremsventil vorgeschrieben war.

Bei den ersten Lokomotiven wurde ein Führerbremsventil vom Typ W4, das von Westinghouse geliefert wurde, eingebaut. Dieses war bei den elektrischen Lokomotiven ebenfalls verwendet worden, so dass sich für das Lokomotivpersonal keine Änderung bei der Bedienung ergab. Die Lokomotiven waren daher von der Bremsbedienung her gleich, wie die E 3/3 und die Streckenlokomotiven.

Später abgelieferte Lokomotiven erhielten an der Stelle des Ventils nach Westinghouse das neu entwickelte FV3b, das etwas bedienerfreundlicher war und auch bei anderen Fahrzeugen nachgerüstet wurde. Das Führerbremsventil FV3b hatte eine die gleiche Funktion, wie das an anderer Stelle vorgestellte FV4a. Beim FV3b fehlt einzig der Hochdruckfüllstoss, das war aber bei den Rangierfahrzeugen kein Problem, wo dieser so oder so nicht hätte verwendet werden dürfen.

Da die Rangierbremse im Rangierdienst zentrale Bremse war, wurde sie bei allen Bedienständen eingebaut. Die Rangierbremse war eine direkt wirkende Bremse, die so geschaltet wurde, dass jenes Bremsventil, das den grössten Druck ausübte die Bremse bediente. So konnte eine angelegte Bremse jederzeit vom anderen Ventil verstärkt, jedoch nicht gelöst werden.

Die Anzeigen waren auch nicht bei jedem Führerstand vorhanden. Sie waren somit beim gleichen Bedienstand vorhanden, wo auch das Führerbremsventil montiert war. Sie wurden an der Wand montiert und waren nicht beleuchtet. In der Nacht konnte der Bereich um die Instrumente mit der Führerraumlampe erhellt werden. Dazu wurde diese mit einem Messingdom ausgerüstet.

Ab der Lokomotive Nummer 16'431 kamen von innen beleuchtete Instrumente zum Einbau. Somit war der Fortschritt auch bei der Bedienung der Lok berücksichtigt worden. So hatten vorher abgelieferte Maschinen Schraubsicherung erhalten. Diese fielen hier auch zu Gunsten von Schaltautomaten weg. Alles war aber nur eine Folge der langen Ablieferung und entsprechend erfolgten Anpassungen.

Die Geschwindigkeit wurde ebenfalls nur beim Hauptarbeitsplatz angezeigt. Der Geschwindigkeitsmesser konnte dabei nur die Geschwindigkeit anzeigen. Eine Registrierung der Fahrdaten auf einem Papierstreifen, wie bei Streckenlokomotiven gab es bei den Maschinen nicht. Jedoch war die Aufzeichnung des Restweges mit Farbscheibe vorhanden, so dass die letzten Meter bei Unfällen nachvollzogen werden konnten.

Sieht man von den Maschinen 16'347, 16'348, 16'355 und 16'356 ab, waren die Lokomotiven ohne jegliche Sicherheitseinrichtung versehen. Die vier erwähnten Maschinen hatten eine Sicherheitssteuerung erhalten, die es den Lokomotiven ermöglichte auch Strecken einmännig zu bedienen. Dabei war nur der Schnellgang vorhanden, da die Lokomotiven ja stehend bedient wurden und so eine Wachsamkeitskontrolle nicht als sinnvoll erachtet wurde.

Da es zur Zeit der ersten Lokomotiven noch keine Zugsicherung gab, waren diese logischerweise nicht damit ausgerüstet. Man verzichtete jedoch auch bei den Lokomotiven, die nach Einführung der Zugsicherung abgeliefert wurden, auf diese Einrichtung. Das sah man bei den Verantwortlichen nicht als notwendig, da die Lokomotiven ja meistens innerhalb von Bahnhöfen arbeiteten und dort so oder so häufig Hauptsignale rangiermässig überfahren mussten. Eine Zugsicherung wäre da nur hinderlich gewesen.

Die Lokomotiven der Reihe Ee 3/3 II konnten aber auf bestimmte Signale der Strecke reagieren. So war an den Lokomotiven ein spezieller Empfänger eingebaut worden. Die entsprechenden Sendemagnete im Gleis lösten dabei automatisch den Hauptschalter, den diese Lokomotiven ebenfalls erhalten hatten, aus. So war gesichert, dass die Lokomotive die Systemschutzstrecken immer ausgeschaltet befuhren. Nach der Schutzstrecke konnte die Lok wieder normal unter dem neuen Stromsystem eingeschaltet werden.

Die an die SNCF gelieferten Lokomotiven der Reihe Ee 3/3 II wurden ab Werk mit einer nur auf diesen Lokomotiven verwendbaren Vielfachsteuerung ausgerüstet. Diese erlaubte es, dass zwei Lokomotiven zusammen in Vielfachsteuerung verkehren konnten. Diese Vielfachsteuerung, die bei allen anderen Lokomotiven der Reihe Ee 3/3 nicht vorhanden war, kam dann mit der Übernahme dieser Lokomotiven zur SBB.

Zur Beleuchtung dienten auf beiden Seiten der Lokomotive drei elektrisch betriebene Lampen. Die Position der in Form eines A angeordneten Lampen war nicht bei allen Lokomotiven gleich. Die beiden unteren auf gleicher Höhe montierten Lampen kamen am Handlauf oder später beim Schutzblech zur Montage. Hier gab es also keine Unterschiede innerhalb der Serie. Auch der Aufbau der Lampen änderte sich, ausser dass sie kleiner wurden, im Lauf der Jahre nicht mehr.

Bei der oberen Lampe waren die Unterschiede jedoch gross. So hatten die beiden Prototypen und die Lokomotiven bis zur Nummer 16'430 die obere Lampe am Vorbau montiert bekommen. Abweichend waren hier natürlich die Lokomotiven 16'311 - 326, die hinten die obere Lampe an der Front des Führerhauses hatten. Das galt bei der Lok der BLS generell, denn dort waren die oberen Lampen am Führerhaus montiert worden.

Sie wurden mit einfachen Schaltern im Führerstand ein- oder ausgeschaltet und konnten daher nur weiss leuchten. Durch farbige Vorsteckgläser konnten auch die geforderten Signalbilder der Strecke problemlos gezeigt werden. Spezielle weisse Vorsteckgläser verhinderten im Rangierdienst, dass das Personal von der Beleuchtung der Lokomotive geblendet wurde. Anfänglich waren auch noch blaue Vorsteckgläser zur Kennzeichnung der üblichen Bedienseite angebracht worden. Bei den Ee 3/3 war das die Seite mit dem Bedienstand mit Führerbremsventil.

Die Vorwärtsrichtung der Lokomotive wurde mit einem weissen V, das in die obere Lampe der entsprechenden Fahrrichtung gesteckt wurde, gekennzeichnet. Verkehrte die Lokomotive auf der Strecke, wurde das V entfernt und die üblichen Signalbilder gezeigt. Es war jedoch nicht üblich, dass die Vorwärtsrichtung der Lokomotive im Rangierdienst geändert wurde. Passte die Lok nicht zur vorgegebenen Richtung im Bahnhof, wurde sie auf der Drehscheibe abgedreht und so richtig gestellt. Das führte dazu, dass das V immer dort war, wo die Lokomotive die logische Vorwärtsrichtung hatte. Folglich wurde es auch auf der Strecke selten entfernt.