Die ersten abgelieferten Züge erhielten einen Farbanstrich, der sich stark an den Re 465 und den Farben des Unternehmens orientierte. Damit waren die Triebzüge nur schon von der Farbgebung her dem Unternehmen BLS zuzuordnen. Zur Zeit der Ablieferung der ersten Züge begannen die meisten Bahngesellschaften in der Schweiz ihre Fahrzeuge vermehrt in den Farben des Unternehmens oder mit neuen Schemen zu versehen. Davon waren auch die RABe 525 nicht ausgenommen.

Als Hauptfarbe für den Wagenkasten verwendete man einen blauen Anstrich, den man bisher bei den Fahrzeugen der BLS-Gruppe auch verwendet hatte. Jedoch erweiterte man diese blaue Farbe auf einen grösseren Bereich. Die beige Farbe der bisherigen Fahrzeuge verschwand daher nun gänzlich, so dass neu graue Farbtöne als Ergänzung des blauen Farbtons verwendet wurden. Der Zug wurde daher als blau empfunden.

Die grauen Farbtöne, die stark an Beton erinnerten, kamen sowohl im Dachbereich, als auch bei den Drehgestellen und im unteren Teil des Kastens zur Anwendung. Dabei wurden jedoch bei den Drehgestellen und den Bahnräumern dunklere Töne verwendet. Da diese jedoch kaum zu sehen waren, war der Zug als blau mit betongrauen Ergänzungen zu erkennen. Der graue Ton war daher viel heller, als bei der Re 465.

Weisse Zierlinien ergänzen den Anstrich und trennten die graue und die blaue Farbe voneinander. Bei der unteren Trennlinie kam nur eine dünne weisse Linie zur Anwendung. Die Trennlinie oben wurde jedoch mit einer breiten weissen Linie versehen, so dass dort ein deutlich erkennbares weisses Band vorhanden war. So entstand ein gefälliger Anstrich, der gut zum Zug passte und der klar ihn klar als Fahrzeug der BLS erkennen liess.

Auch die Einstiegstüren wurden Weiss gehalten. Bisher verwendet man dort farblich passende Töne, die jedoch wegen dem neuen Gesetz so für sehbehinderte Personen schwer zu erkennen waren. Die weissen Türen der RABe 525 waren daher sehr gut zu erkennen und wurden auch von Leuten mit schlechtem Sehvermögen leicht und schnell als Türen erkannt. Damit war auch hier dem Gesetz genüge getan, was den Zug bei Behindertenorganisationen sehr beliebt machte.

Diese weisse Farbe wurde schliesslich für die Bahnanschrift übernommen. Hier kam bei allen Zügen nur noch der Name Lötschbergbahn mit dem Logo BLS zur Anwendung. Auf die erwarteten Anschriften GBS und BN mit Bahnnamen, der eigentlichen Empfänger, wurde jedoch verzichtet. Die Bahngesellschaften hatten sich in den vergangenen Jahren immer mehr zusammengeschlossen, so dass die Betriebsgruppe nur noch unter der Bezeichnung Lötschbergbahn BLS auftrat. Die RABe 525 waren die ersten Züge, wo das zu erkennen war.

Auch die Nummer des Fahrzeuges wurde angeschrieben. Dabei kam an der Front jedoch nicht mehr die ganze Nummer zur Anschrift, sondern man begnügte sich mit der letzten Ziffer. So war an der Front zum Beispiel nur eine weisse 1 zu erkennen. Dahinter versteckte sich dann der Zug 525‘001.  Ergänzt wurde diese Frontanschrift durch die Buchstaben NINA, die in Hellblau, Gelb, Grün und Rot gehalten waren. So war die Abkürzung NINA am Zug deutlich zu erkennen. Auf jeden Fall an der Front besser als die Nummer des Fahrzeuges.

Auch die Anschriften der Wagenklassen durften nicht fehlen. Diese waren mit Ziffern deutlich an den Fenstersäulen neben der Türe zu erkennen. Mit den bekannten Piktogrammen wurde darauf hingewiesen, dass der grösste Teil des Zuges für Nichtraucher bestimmt war. Zudem wurde die erste Wagenklasse mit der gelben Linie über dem Abteil gekennzeichnet. Die Leute fanden daher die bekannten Merkmale für die Wagenklassen vor.

Bei den Anschriften wurde zudem das gelb/blaue Logo der S-Bahn Bern angebracht. Dieses kam immer an dem Endteil, das nicht über die Bahnanschriften verfügte zur Anwendung. Es bestand aus dem gelben S, das auf blauem Grund stand und einer gelben Fläche mit dem Schriftzug S-Bahn Bern. Das Logo war keine Besonderheit der RABe 525, sondern es wurde an allen Zügen, die im Bereich dieser S-Bahn eingesetzt wurden angebracht. Bei den RABe 525 war das jedoch bereits bei der Ablieferung der Fall.

Während der Ablieferung wurde das bisherige Farbkonzept überdacht, so dass nur die ersten acht Triebzüge mit der vorher beschriebenen Farbgebung in Betrieb genommen wurden. Diese Änderung bei der Farbgebung war eine Folge davon, dass sich das Unternehmen BLS neu präsentierte und dabei zu neuen Farben griff, daher wurden logischerweise auch die neuen Züge mit den Farben des Unternehmens ausgeliefert.

Erneut orientierte man sich an der neusten Lokomotive des Unternehmens, was nun die Re 485 war. Dabei wurde die bisher dominierende blaue Farbe auf ein blaues Band, das im unteren Bereich um den ganzen Zug geführt wurde, reduziert. Damit war zwar die blaue Farbe der bisherigen BLS noch vorhanden, kam aber nur noch bei einem kleinen Teil der ganzen Farbgebung zur Anwendung, so dass neu Farben den Zug dominierten.

Die Seiten des Triebwagens wurden neu silbergrau gestrichen, so dass eigentlich nur noch das Dach und die Drehgestelle in der bisherigen Farbgebung in Grau erhalten blieben. Auf weisse Zierlinien, wie bei den ersten Zügen verzichtete man nun, so dass weiss gar nicht mehr verwendet wurde und der Zug daher silbergrau mit blauer Linie erschien. Die neue Farbe des Unternehmens war daher hellgrau mit blauer Schrift, was wir noch erfahren werden.

Die Front und die Türen erhielten neu einen grünen ungewohnten Anstrich. Dabei wurde eine ungewöhnliche hellgrüne Farbe verwendet. Diese Farbe wurde bei den Fronten auf den Seiten des Führerstandes nach oben schräg und nach hinten gezogen. Das führte dazu, dass die Trennlinie mitten durch die Eckfenster geführt wurde und daher durch dieses Unterbrochen wurden. Bei den Türen verlängerte man die Farbe bis zum grauen Dach.

Der Fensterbereich, der bisher mit dem dunkleren blau ein harmonisches Erscheinungsbild ergab, musste nun mit einem schwarzen Fensterband ergänzt werden. Dadurch wirkten die Fenster ebenfalls als durchgehende Linie. Die dunkeln Fensterbänder waren jedoch keine Massnahme, die es nur bei der BLS gab, denn auch andere Bahnen setzten auf helle Farben mit den schwarzen Fensterbändern. Daher kann man vom damals geltenden Zeitgeist sprechen.

Erneut wurden die Anschriften des Triebzuges geändert. Die bisherige Anschrift mit Lötschbergbahn und Logo wurde nun nur noch auf das überarbeitete Logo reduziert. Dabei kamen erstmals klein geschriebene Buchstaben zur Anwendung. Aus BLS wurde daher neu bls. Auch die Logos der S-Bahn Bern wurden nun neu gestaltet und auf den Bereich der Fensterhöhe reduziert. Einzige wirklich unveränderte Farbe war der gelbe Streifen zur Kennzeichnung der ersten Wagenklasse.

An der Front wurde der bisher verwendete Schriftzug NINA verkleinert und in blau etwas höher angebracht. Gleich daneben schrieb man nun die letzten beiden Ziffern an den Zug, so dass nun NINA 09 stand. Eine Ausnahme von dieser Farbgebung bildete der Zug Nummer 525‘013, denn bei ihm stand NINO 13, so dass zumindest ein Zug einen männlichen Namen bekam. Eine Spielerei, die mit dem eigentlichen Grund der Bezeichnung NINA nichts zu tun hatte. Zwischen den Lampen stand nun natürlich bls.