Nach den ersten Betriebsjahren stellte man fest, dass die Kapazität auf gewissen Strecken nicht ausreichend war. Die Züge waren zu gut ausgelastet und immer wieder mussten Reisende abgewiesen werden. Daher wurde schon früh eine obligatorische Platzreservation eingeführt. Trotzdem war der Zug zu klein geraten. Man entschloss sich daher dazu, die bestehenden Züge mit einem zusätzlichen Zwischenwagen zu verlängern.

Durch den zusätzlichen Zwischenwagen, der auf der Seite des einzelnen Steuerwagens eingereiht wurde, war der Zug nicht mehr in der Lage die Strecke des Arlberg in alleinige Fahrt zu meistern. Für den Gotthard reichte es aber immer noch, nur fehlten die Reserven. Somit erhielt der Zug, das lange Jahre bekannte Erscheinungsbild. Die ersten vier Züge entsprachen nun dem fünften bereits in dieser Konfiguration bestellten Zug.

Die grösste Schmach, die dem Prestigezug jedoch widerfuhr, war die Tatsache, dass er am Gotthard wegen den Kurven nur mit 75 km/h statt deren 80 km/h fahren durfte. Die Laufruhe des Speisewagens war ungenügend und es musste deshalb langsamer gefahren werden um das Geschirr ruhig zu halten. Es handelte sich dabei um keine Einschränkung technischer Natur, sondern nur um die Verbesserung des Komforts im Speisewagen. In einem TEE gab es keine klirrenden Gläser.

Die vorhandenen technischen Mängel am Zug liessen schnell erkennen, dass diese mit speziell geschultem Personal einfach zu beheben waren und nicht unbedingt ein generelles Problem darstellte. Daher führte man auf den Zügen einen Bordmechaniker ein, der einfache Störungen auf der Fahrt beheben konnte. Danach begann die Technik zufriedenstellend zu arbeiten, was klar zeigte, dass die Probleme hauptsächlich beim mit der komplizierten Technik überforderten Personal zu suchen waren.

Die Züge blieben dann viele Jahre frei vor Umbauten oder Änderungen, was klar zeigte, dass die Arbeit der Hersteller als gelungen bezeichnet werden konnte. Der Zug funktionierte und sorgte eigentlich nur für Ärger, wenn ein Fahrmotor ausgeschaltet werden musste, denn dann benötigte der Zug am Gotthard eine Vorspannlokomotive, die dann immer wieder eine Ae 6/6 war.

Die Bahnen hatten ihre Arbeit jedoch nicht so gut erledigt, wie die Hersteller und so verschwand ein TEE nach dem anderen aus dem Fahrplan. Bereits im Jahre 1988 standen die Züge daher vor dem Aus, denn auch der letzte TEE, der TEE GOTTARDO wurde aufgehoben und durch einen neuen Eurocity mit zwei Wagenklassen und normalen Reisezugwagen ersetzt. Die Züge wurden aber nicht ausgemustert sondern für den neuen Einsatz umgebaut. Sie erlebten dann noch ein paar Jahre als RABe EC.

Die Züge wurden saniert und zu einem zweiklassigen Eurocityzug umgebaut. Die anfängliche Umbezeichnung eines Teils der alten Bestuhlung wurde dabei aufgehoben und die Wagen 5 und 6 zu reinen Zweitklasswagen mit zwei Viererabteilen umgebaut. Der Speisewagen wurde auch aufgehoben und ein Teil ebenfalls mit Zweitklassbestuhlung versehen.

Anstelle des übrig gebliebenen Speisesaals wurden einige Stühle hingestellt und der Bar zugeschlagen. Da der Zug nun über keinen Speisewagen mehr verfügte, konnte die Geschwindigkeit für den Gotthard auf 80 km/h angehoben werden. So erhielt der Zug neu 147 Sitze in der zweiten Wagenklasse. Auch das Personal wurde reduziert, so dass der Bordmechaniker auch als Barkeeper zum Einsatz kam.

Da der Anstrich der TEE-Züge nicht zum neuen Einsatz passte, wurden die Züge hellgrau gespritzt, dabei wurde das Fensterband analog der TEE-Farbgebung dunkelgrau gehalten. Der Anstrich wollte nicht so recht zum einst eleganten Zug passen. Anstelle der TEE-Embleme auf der Seite wurde der Schriftzug Eurocity angebracht. Ein kleiner Hauch von TEE blieb aber, denn die Embleme an der Front blieben bestehen.

Erstmals war an dem Zug eine deutlich erkennbare Eigentumsbezeichnung angebracht worden. Der Zug erhielt auch eine neue Bezeichnung, denn RAe TEE II konnte nicht zu einem Eurocity passen. Deshalb wurde der Zug zum RABe EC. Durch die Bezeichnung und die Farbgebung erhielt der Zug, der Zeit seines Lebens nicht immer schmeichelhafte Namen erhalten hatte, zur „Nebelkrähe“. Die Idee war simpel, denn der Zug hatte neblige Farben und wurde zum Rabe.

Auch die Kommunikationsmittel wurden angepasst. So erheilten die Züge neu ein Funkgerät, das sowohl den im Raum Zürich verwendeten Zugfunk 88 und den Vereinfachten Zugfunk VZFK-90 nutzen konnte. Dadurch war das Fahrzeug für den aktuellen Einsatz bestens gerüstet und erstmals war eine Verbindung aus dem Führerstand heraus möglich. Äusserlich war der Funk an der Antenne auf dem Dach zu erkennen.

Die umgebauten Züge erhielten kurz vor Schluss auch noch die Deutsche Zugsicherung Indusi und auf einem Stromabnehmer ein exaktes deutsches Schleifstück. Diese Einrichtungen wurden eingebaut, weil der Eurocity, der mit den Zügen abgedeckt werden sollte, auf der Strecke Stuttgart – Schaffhausen – Zürich – Gotthard – Mailand verkehren sollte. Der Stromabnehmer vier wurde dabei jedoch nur noch in Deutschland benötigt und konnte so speziell angepasst werden.

Dabei blieb es letztlich bis zum endgültigen Ausscheiden der Züge. Nur schon die Tatsache, dass kaum Umbauten an der Ausrüstung vorgenommen wurden, zeigt deutlich, wie gut der Zug letztlich trotz aller Schwierigkeiten konstruiert wurde. Der RAe TEE II war ein gelungenes Fahrzeug, das wie wir jetzt erfahren werden viele internationale Einsätze hatte und dabei nicht immer glücklich agierte.