Die Steuerung des Fahrzeugs wurde ab dem Ladegerät oder den Batterien versorgt. Die Batterien waren unter den Steuerwagen montiert worden und sprangen nur ein, wenn einer der Hauptschalter ausgeschaltet war. Versorgt wurde die Steuerung bei allen Spannungen und Stromsystemen mit 36 Volt Gleichstrom. So konnten zumindest in diesem Bereich Bauteile der üblichen Fahrzeuge verwendet werden. Man blieb also trotz aller speziellen Lösungen bei einem einheitlichen Steuerstromnetz.

Der Führerstand wurde von den kurz zuvor abgelieferten RBe 4/4 abgeleitet und sah in gewissen Bereichen identisch aus. Er wurde aber dem Fahrzeug und den geänderten Bedingungen angepasst. Dem Zug fehlten so zum Beispiel die Rangierbremse und der Schalter für die Zugsammelschiene. Hinzu kamen jedoch automatisierte Abläufe, die später noch erwähnt werden.

Im direkten Blickfeld des Lokführers wurden die Anzeigen für Fahrleitungsspannung und der Fahrmotorströme montiert. Dabei kamen unterschiedliche Messinstrumente zum Einsatz, denn bei mehreren Stromsystemen konnte ein Instrument nicht bei allen Systemen die genauen Werte anzeigen. Bei einem normalen Voltmeter hätte die Nadel bei 25 kV oben am Anschlag angestanden, während bei 1.5 kV kaum ein Ausschlag zu erkennen gewesen wäre.

In Betrieb gesetzt wurde das Fahrzeug mit einem durch einen Schlüssel verriegelten Schalterkasten, der Verriegelungskasten genannt wurde. Darin eingebunden waren die Schalter für Steuerstrom, Stromabnehmer und Hauptschalter. Weitere Schalter mit drei Schaltpositionen waren für den Kompressor, die Dienstbeleuchtung und die Beleuchtung der Fahrgasträume vorhanden. So steuerte also der Lokführer die Beleuchtung im Zug.

Unterhalb dieses Verriegelungskastens waren die Tasten für die Überbrückung der Schweizerischen Zugsicherung eingebaut. Komplettiert wurde dieses Anzeigeband durch die Meldelampen für Ventilation und Stufenschalter. Eine kombinierte Leucht- und Drucktaste ermöglichte die Bedienung der Schleuderbremse, zeigte jedoch auch eine durchdrehende oder gleitende Achse an. Besonders bei einem Triebzug, wo der Lokführer nicht im Maschinenwagen sass, war ein Schleuderschutz wichtig.

Die rechte Seite enthielt einen Fahrschalter, wie er schon auf den RBe 4/4 zur Anwendung kam. Darüber war der Wendeschalter für die Fahrrichtung vorhanden. Diese Steuerung, die erstmals auf den RBe 4/4 eingebaut wurde, kam nachher auf mehreren Serien zur Anwendung und wurde gar zum Standardführerstand der SBB. Daher konnte man das Lokomotivpersonal bei der Bedienung mit üblichen Elementen entlasten, der Zug hatte so schon viele Unterschiede, die beachtet werden mussten.

Die drei unterschiedlichen Aufschaltstellungen des Fahrschalters M, + und ++ legten fest, was die Hüpfersteuerung genau zu tun hatte. Hier war ein grosser Unterschied zum RBe 4/4 vorhanden, denn dort verwendete man mit dieser Steuerung noch einen Stufenschalter. Auf der Stellung M wurde pro Sekunde eine Stufe zugeschaltet. Blieb diese Stellung erhalten, schaltete die Steuerung automatisch eine weitere Fahrstufe zu, wenn der Fahrmotorstrom unter den vorgegebenen Zuschaltwert sank. Der Lokführer musste also nicht auf die Einhaltung der zulässigen Ströme achten, was die Bedienung erleichterte.

Wählte der Lokführer die Stellung +, erfolgte die Zuschaltung in 3 Stufen pro Sekunde. Danach reagierte der Zug gleich wie bei der Stellung M. Die letzte Stellung ++, erweiterte die Stellung +, indem die Stufen bis zum maximalen Fahrmotorstrom aufgeschaltet wurden. Der Lokführer erteilte somit nur noch Befehle und nicht mehr festgelegte Stufen. daher wurde diese Steuerung auch Befehlsgebersteuerung genannt.

War die Zugkraft, die gewünscht wurde, erreicht, stellte man den Fahrschalter in die Stellung ●. Die eingestellte Stufe wurde nun gehalten und es erfolgten keine Zuschaltungen mehr. Wollte der Lokführer die Zugkraft reduzieren, verbrachte er den Schalter in die Stellung -. Jetzt wurden pro Sekunde 3 Stufen abgeschaltet, bis die Stufe 0 erreicht war, oder der Lokführer wieder in die Stellung ● wechselte. Mit dem verbringen des Fahrschalters in Stellung 0 wurde die Zugkraft schlagartig abgeschaltet und die Trennhüpfer geöffnet.

Der Fahrschalter übernahm mit dem Wechsel in die Stellung „Bremsen“ die Umschaltung in den elektrischen Bremsbetrieb. Nun konnte der Lokführer mit + mit 3 Stufen pro Sekunde bis zum maximalen Bremsstrom aufschalten. In den Stellungen „Bremsen ●“ und „Bremsen –„ reagierte die Hüpfersteuerung wie beim Fahrbetrieb. So konnte die elektrische Bremse einfach den Gefällen angepasst werden, was eine einfache Art der Bedienung ergab.

Der den Zeiten, die durch die Befehlsgebersteuerung vorgegeben wurden, handelte es sich um Werte, die vom Stufenschalter des RBe 4/4 stammten. Die Hüpfersteuerung dieses Triebzuges hätte viel schneller arbeiten können, was jedoch nicht gewünscht war, denn man wollte eine einheitliche Schaltgeschwindigkeit erreichen und diese nicht durch eine schnelle Steuerung ersetzen. Daher beschränkte die Befehlsgebersteuerung die Zeiten bis zu nächsten Schaltung.

Weitere Funktionen wurden zum Teil automatisch aufgebaut. So zum Beispiel die Wahl des Stromabnehmers. Der Lokführer drückte im Führerstand einfach die entsprechende Stromabnehmerwahltaste. Nach anlegen des Stromabnehmers wurde bei Wechselstrom durch zwei Frequenzabhängige Relais, bei Gleichstrom dagegen durch einen spannungsabhängigen Relaiskomplex, die über entsprechende Spannungswandler und Spannungsteiler gespeist wurden, festgestellt, welches der vier Stromsysteme die Fahrleitung führt.

Der Umschalter für die Betriebsart wurde automatisch in die entsprechende Stellung gebracht. Erkannte der Lokführer die Rückmeldung der erfolgten Systemumstellung, konnte er den Zug wieder einschalten. Daher konnte der Zug den Grenzbahnhof Chiasso auch ohne Halt durchfahren. Der Lokführer lies den Zug rollen, wählte das neue System aus, wartete einen Moment und schaltete den Zug wieder ein. Danach schaltete er einfach wieder wie nach dem Befahren einer Fahrleitungsschutzstrecke im neuen System die Zugkraft auf und fuhr weiter.

Die Sicherheitssteuerung des Zuges war Bauart MFO und wirkte immer. Dabei spielte es keine Rolle, welches Netz der Zug gerade befuhr. Sie arbeitete wie in der Schweiz üblich wegabhängig, jedoch mit vergrösserten Wegstrecken. Die grösseren Wegstrecken lagen bei der hohen Höchstgeschwindigkeit und dem dadurch sehr schnellen Abfahrens von 50 Metern. Als Besonderheit wurden im Falle des Ansprechens die Trennhüpfer anstelle des Hauptschalters ausgelöst, wodurch die Hilfsbetriebe eingeschaltet blieben.

Die automatische Zugsicherung nach Integra-Signum funktionierte im üblichen Rahmen aber nur innerhalb der Schweiz. Sie konnte alle notwendigen Impulse empfangen. So wurden dem Lokführer die Werte Warnung, Halt und Frei übermittelt. Der Zug verfügte somit in der Schweiz über die Standard-Ausrüstung. Daher war der Zug in der Schweiz ohne Einschränkungen einsatzbereit.

Zusätzlich wurde dem Triebzug jedoch auch die Zugsicherung für Frankreich und Belgien eingebaut. Diese Einrichtung übertrug beim Überfahren der Signale deren Stellung „offen“ oder „geschlossen“ war, dem Lokführer eine entsprechende Meldung. Dies erfolgte durch Übertragen positiver Stromimpulse bei geschlossenem Signal und negativer Stromimpulse bei offenem Signal über das so genannte Krokodil und die am Fahrzeug befestigte Kontaktbürste.

Andere Zugsicherungen waren auf dem Zug nicht vorhanden. Einige Länder sahen grundsätzlich einen zweiten Lokführer vor oder liessen das verkehren von Zügen ohne Zugsicherung zu. Daher blieben die Zugsicherungssysteme überraschend einfach und der Zug konnte nur in drei Ländern mit voller Sicherung fahren. Aber damals sah man das mit den Zugsicherungen in einigen Ländern nicht so ernst.

Da in einigen Ländern laute Signalhörner vorgeschrieben waren, wurden dem Triebzug nicht die bekannten schweizerischen Lokpfeifen montiert. Daher war der Zug in der Schweiz schnell am Klang seines Signalhorns zu erkennen. Dieses war lauter und schreckte die Leute auch dadurch auf, weil es in der Schweiz einfach ungewohnt war, aber nur so durfte der Zug in allen Ländern eingesetzt werden.

Die Triebzüge verfügten über eine Vielfachsteuerung, die es erlaubte zwei Züge in Vielfachsteuerung zu betreiben. Eine zusätzliche dritte Einheit war nur schon wegen der Länge des so entstehenden Zuges nicht vorgesehen und wurde daher auch nicht berücksichtigt. Die dazu notwendigen Verbindungen besorgte die automatische Kupplung. Eingebaut wurde eine Scharfenbergkupplung, wie sie schon von den RAm TEE I her bekannt war.

In den Führerständen waren die Schalter für die Lampen für die Spitzenbeleuchtung vorhanden. Bei dem Zug wurden wie schon vorher beim RBe 4/4 Doppellampen eingebaut, die sowohl rot als auch weiss zeigen konnten. Trotzdem mussten unten zwei zusätzliche Lampen montiert werden, damit der Zug auch die Farben grün und gelb zeigen konnte. So konnten alle benötigten Signalbilder gezeigt werden. Dabei waren unten nie beide Lampen beleuchtet, da beide mit dem gleichen Schalter beleuchtet wurden.